Les études menées par le PCMI sont souvent à l’interface avec d’autres programmes. On peut citer les questions de la formation stellaire et des disques protoplanétaires à l’interface avec les programmes de physique stellaire et de planétologie. Également la question de la matière primitive solaire et des Origines. Une autre interface est celle avec la communauté des hautes énergies en particulier au niveau de l’interaction des particules de haute énergie avec la matière interstellaire.
L’interface de PCMI avec les autres programmes nationaux sur le thème des exoplanètes est animé par le « Comité Exoplanètes transverse » (CET): https://cet.cnrs.fr/